2nd SItEMICRO course

Detection and Quantification of
Microbes in natural environments
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Le MicroInterviste

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interviste di SItEMICRO
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Le schede dei docenti

 


  Stefano Amalfitano
CNR-IRSA Istituto Ricerca sulle Acque, Roma
Dottorato di ricerca in Ecologia presso l'Università degli studi di Roma "Tor Vergata". Le ricerche sono finalizzate allo studio del ruolo ecologico delle comunità batteriche in ecosistemi acquatici, attraverso metodi specifici per l'identificazione filogenetica (FISH, CARD-FISH, analisi del 16S rRNA), la descrizione morfologica (microscopia ad epifluorescenza, citometria a flusso) e la valutazione delle attività cellulari (incorporazione di traccianti radioattivi, marcatori fluorescenti). Dal 2007 è ricercatore a tempo determinato in Ecologia Microbica presso l’Istituto di Ricerca sulle Acque (CNR-IRSA).  
 


  Roberto Bertoni
CNR-ISE Istituto per lo Studio degli Ecosistemi, Verbania
Dirigente di ricerca si occupa della biodiversità batterica, valutata con le tecniche della biologia molecolare, in relazione allo stato trofico e alle diversità spaziali che si incontrano negli ambienti lacustri. La ricerca è finalizzata allo studio dell'influenza dei cambiamenti globali, ed in particolare del global warming, sulle catene alimentari microbiche in ecosistemi lacustri al fine di valutarne le modificazioni indotte. Particolare attenzione è rivolta allo studio dei cianobatteri e alle loro  recenti e ingenti fioriture nelle acque del Lago Maggiore.
 


  Raffaella Casotti
Stazione Zoologica Anton Dohrn, Napoli
Esperta in ecologia microbica ed ecologia chimica del fitoplancton. Si interessa inoltre delle applicazioni della citometria a flusso alle scienze ambientali, in particolare nel campo dell’oceanografia. Laurea in Scienze Naturali, Dottorato di Ricerca in Scienze Ambientali. Ricercatore Ospite presso il Woods Hole Oceanographic Institution (USA) e la Station Biologique de Roscoff (France). Membro del Consiglio Direttivo della Società Italiana di Citometria dal 2001 e Coordinatore del Corso in Applicazioni ambientali della Citometria a flusso della Scuola Nazionale di Citometria della stessa Società. Membro di Comitati di valutazione di progetti per la Commissione Europea, la Dutch Research Foundation e l’Agence National de la Recherche (Francia). Autrice di 25 pubblicazioni in riviste internazionali peer-review.
 


  Manuela Coci
Dipartimento di Scienze Microbiologiche, Università di Catania
Dottorato di ricerca in Ecologia Microbica degli ambienti acquatici conseguito presso il Centro di Limnologia del NIOO-KNAW, nei Paesi Bassi.  Durante il dottorato ha studiato la differenziazione di nicchia dei batteri ammonio-ossidanti e la loro attività di nitrificazione nel sedimento, nella colonna d'acqua e nell'epifiton di piante acquatiche di laghi e fiumi.  In seguito, ha ottenuto un assegno di ricerca presso il CNR-IAMC (Istituto per l' Ambiente Marino Costiero) di Messina dedicandosi alla coltivazione e identificazione di microoganismi alofili di laghi profondi sottomarini. Dal 2006 é docente a contratto in Microbiologia Ambientale presso l'Università di Catania dove svolge anche attività di ricerca sulla diversità dei microorganismi in ambienti acquatici per il biorisanamento ambientale.
 


  Gianluca Corno
CNR-ISE Istituto per lo Studio degli Ecosistemi, Verbania
Dottorato di ricerca in Ecologia presso l'Università di Parma, studia le interazioni preda-predatore su comunità batteriche e l'importanza relativa dei fattori limitanti nel determinare la diversità dei sistemi microbici in acqua. Si intressa particolarmante allo studio degli stimoli, diretti o indiretti, che portano alla filamentazione di alcuni taxa batterici, ed ai relativi cambiamenti genomici o di espressione genica che promuovono la filamentazione.
Ha lavorato per tre anni presso il Max Planck Institute di Ploen (Germania) ed attualmente è post-doc presso il CNR-ISE di Verbania. Ha recentemente ottenuto il finanziamento per un progetto di ricerca nell'ambito del FP7 che lo porterà a breve a trasferirsi all'Università di Zurigo (Svizzera).
 


   Stefano Fazi
CNR-IRSA Istituto Ricerca sulle Acque, Roma
Stefano si è laureato in Scienze Biologiche (Università di Roma "La Sapienza") ed è Dottore di Ricerca in Ecologia (Università degli Studi di Parma). Dopo aver frequentato i laboratori di Ecologia delle Università degli Studi di Roma "La Sapienza" e di Lecce in qualità di ricercatore ospite, svolgendo anche attività didattica, ha lavorato per circa cinque anni per l’UNESCO (Ufficio per le Scienze e le Tecnologie per il Sudest Asiatico di Jakarta - Indonesia) come specialista nella gestione delle risorse idriche e delle zone costiere. Dal 2002 è ricercatore a tempo indeterminato in Ecologia Microbica presso l’Istituto di Ricerca sulle Acque (CNR-IRSA) e svolge ricerche sul ruolo di comunità microbiche in ecosistemi acquatici. Attualmente è Professore a Contratto per la Cattedra di Metodi per lo Studio della Diversità Microbica all’Università degli Studi Roma "La Sapienza". Interessi di ricerca: Approccio molecolare allo studio della struttura delle comunità batteriche; - Processi ecologici e ruolo della comunità batterica in ambienti fluviali e di transizione - Degradazione della sostanza organica particolata e disciolta - Dinamica dei microrganismi in fiumi a regime temporaneo.
 


   Josep M. Gasol
ICM-CSIC Barcelona, Spagna
I am interested in planktonic microbe abundance and activity, and the ecosystem effects of their abundance and activity. This implies the study of the factors that regulate the abundance of planktonic microorganisms and those that regulate microorganism community structure (size, functional and taxonomical structure), and how the physical changes in the marine environment (macro-, meso – and microscale structures) affect these parameters. As an example, how predation and resource availability regulate bacteria abundances, bacterial use of DOC, and how they regulate the composition of the microbial "black box" in terms of size structure and metabolic characteristics of the community. This is approached by empirical analysis of data bases of organism abundance, growth and loss rates, generated mainly in cruises; by mesocosm and microcosm experiments; and by the combined use of image analysis and flow cytometry and metabolic fluorescent probes.
 


   Ian Hewson
Cornell University Ithaca, USA
How do marine viruses influence elemental cycling in the ocean? What controls the composition and activities of microbial assemblages in seawater and sediments? Work in the field onboard ocean-going research vessels, at marine field stations, and in the marine microbiology laboratory at Cornell employs approaches from traditional oceanographic and microbiological techniques through to assemblage fingerprinting and high-throughput sequencing of metagenomes and assemblage gene transcripts. Ian Hewson earned a B.Sc (Hons) in Botany at the University of Queensland, Brisbane, Australia in 2000. He worked as a research assistant in the Department of Botany within the Marine Botany Group at UQ under William C. Dennison from 2000-2001. He then obtained a PhD in Marine Environmental Biology at the University of Southern California, Los Angeles with Jed A. Fuhrman in 2005. His post-doctoral work from 2005 to 2008 was conducted in the Department of Ocean Sciences of the University of California, Santa Cruz with Jonathan P. Zehr.
 


   Anita Manti
Università di Urbino
svolge attività di ricerca in qualità di assegnista di ricerca presso il Dipartimento di Scienze dell'Uomo, dell'Ambiente e della Natura, Sezione di Morfologia e Tecnologie per la salute, Università degli Studi di Urbino "Carlo Bo". Laureata in Scienze Ambientali presso la suddetta università, nel 2008 ha conseguito il titolo di Dottore di Ricerca in Scienze Ambientali discutendo la tesi dal titolo "Applicazione della citometria a flusso allo studio di batteri in impianti di depurazione di acque reflue". Le attività attualmente svolte riguardano studi di vitalità e attività in citometria a flusso su colture pure quali Aeromonas hydrophila, Escherichia coli, nonché su batteri in diverse matrici ambientali, quali acqua di mare e acque dolci.
 


   Luigi Michaud
Dipartimento di Biologia Animale e Ecologica Microbica, Università di Messina
Dottorato di Ricerca conseguito presso l'Università di Messina e l'Università di Montpellier II. Durante il dottorato si è occupato dello studio di comunità microbiche negli impianti di acquacoltura con particolare attenzione all'interazione tra Batteri autotrofi ed eterotrofi. Attualmente è assistente alla ricerca presso l'Università di Messina dove svolge la funzione di responsabile della Collezione Italiana di Batteri Antartica. La sua ricerca è volta alla identificazione e caratterizzazione fenotipica e genotipica di microorganismi eterotrofi antartici.
 

 


   Mauro Tonolla
Università di Ginevra ed ICM di Bellinzona, Svizzera
Studi alle Università di Zurigo e Ginevra, attualmente attivo quale ricercatore scientifico al Laboratorio di Ecologia Microbica dell’Università di Ginevra e all’Istituto Cantonale di Microbiologia di Bellinzona. Ambiti di studio: ecologia, microbiologia, filogenetica, epidemiologia e tipizzazione genetico-molecolare di microorganismi di origine idrica. Incarichi d’insegnamento ai corsi accademici svolti al Centro di Biologia Alpina di Piora (Università di Ginevra, Politecnico federale di Losanna) ed ai corsi di aggiornamento dei docenti di biologia del Cantone Ticino. Membro del Fondo Nazionale Svizzero per la Ricerca scientifica, Commissione della Svizzera italiana; membro di comitato della Società ticinese di Scienze naturali e redattore del Bollettino della stessa società. Coeditore della monografia Lake Cadagno: a meromictic alpine lake. Documenta dell’Istituto Italiano di Idrobiologia vol. 63: 152 pgg. (1998) ha pubblicato diversi articoli su riviste scientifiche internazionali.